胸外科专门治疗胸腔内脏器有手术适应症的疾病。在肺部方面如肺癌、肺部不明诊断的病变、气胸、久治不愈的脓胸等，纵隔腔方面例如纵隔肿瘤、重症肌无力、胸腺瘤、手汗症等，食道方面如食道癌、食道憩室、食道弛缓、食道狭窄等。 

另外一些良性的肺疾病，如严重影响心肺功能，造成不可逆的呼吸衰竭，而无法以药物控制者，可施行肺脏移植手术以挽救之，这些疾病如严重之肺气肿、尘肺病、硅肺病、肺纤维化、细支气管病变(药物毒性如减肥菜引起者)、支气管扩张等病。